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Le 21ème siècle est un moment fantastique pour être un ingénieur en bio-ingénierie et un horrible moment pour être un rhinocéros noir. L'espèce africaine, qui comptait 850 000 personnes il y a un siècle, a été réduite à environ 5 000 habitants. Dans l’espoir de renouer un jour avec ce déclin catastrophique, les biologistes tentent de externaliser le séquençage du diceros bicornis bicornis génome.
Le projet est un effort de collaboration entre plusieurs experts en biotechnologie soucieux de la conservation, dont le Dr Charles Murray, pathologiste et bio-ingénieur de l'Université de Washington, et Matthew Markus, PDG de Pembient. Pembient est une société de biotechnologie de San Francisco qui souhaite inonder les marchés chinois de corne de rhinocéros synthétique mais biologiquement identique, imprimée en 3D à partir de kératine de laboratoire et éventuellement livrée sous forme de bière rhinocéros. (La kératine est l'étoffe de vos ongles et de vos cornes de rhinocéros. Ce n'est ni magique ni médicinal.) Pembient pourrait en apprendre assez sur le génome d'un rhinocéros nommé Ntombi, a déclaré Markus Inverse, pour affiner la synthèse des protéines de rhinocéros.
Mais avant que quiconque puisse exploiter les données génétiques de Ntombi, il faut d’abord séquencer le génome du rhinocéros noir. Le projet prévoit environ la moitié de la collecte de 16 500 dollars sur Experiment.com, une plateforme de financement participatif un peu comme Kickstarter, à l’exception de la science, au lieu de ressusciter des jeux vidéo disparus.
"Il y a encore relativement peu d'organismes dont les génomes ont été séquencés", a déclaré Murray. "Jusqu'à tout récemment, c'était très difficile - cela prenait beaucoup de temps et d'argent."
Cela ne veut pas dire que les génomes des animaux ne sont pas terminés. Le projet Genome 10K vise à collecter une arche de données génétiques de Noé. Et le génome du sud, une espèce plus peuplée et plus grande, a eu son génome séquencé en 2012. Mais qu'en est-il des rhinocéros noirs comme Ntombi? «On ne sait pas pourquoi le rhinocéros noir a été laissé de côté pendant si longtemps», a déclaré Markus. Il insiste sur le fait que l'omission est un hasard; mais il se peut que, comme les blancs du sud aient déjà été séquencés, le rhinocéros noir n’ait pas été une priorité.
Markus, Murray et leurs collaborateurs cherchent à combler cette lacune. Ntombi, le rhino-afficheur du projet, a déjà fait l'objet d'une prise de sang et d'une conservation - et, du bingo! ADN de rhinocéros. La séquence devrait être assez simple, a déclaré Murray. "Le génome du rhinocéros blanc est une grande aide."
Les prochaines étapes de la séquence
Avec l’ADN de Ntombi hébergé sur les serveurs de DNAnexsus, les biologistes auront jeté les bases de la génomique comparative des rhinocéros. «Une fois que nous avons reçu sa séquence, nous pouvons commencer à comprendre ce qui fait qu'un rhinocéros est un rhinocéros, en quoi le blanc diffère du noir», explique Murray, «et fournit des informations qui aideront à suivre les échantillons pochés.»
Les vétérinaires pourraient rechercher des gènes susceptibles de provoquer une maladie et disposer d'une base de référence permettant de comparer les sept autres sous-espèces de rhinocéros noirs, dont trois sont déjà éteintes.
Les animaux après demain
Une fois que nous comprenons mieux la génétique des rhinocéros noirs, plusieurs portes théoriques s’ouvrent. «À l'avenir, je suis enthousiasmé par l'utilisation de cellules souches pour comprendre la physiologie des rhinocéros et, éventuellement, pour faire pousser des cornes de rhinocéros en laboratoire afin de réduire le braconnage», a déclaré Murray.
Markus pronostique un peu plus loin. Pour diceros bicornis bicornis, Markus n’envisage pas une telle extinction, mais remonte l’horloge génétique; plus les populations sont petites, plus elles sont sujettes aux problèmes hérités.
Et pour les rhinocéros noirs qui sont partis? Il compare cet effort à celui du séquençage du génome du rhinocéros blanc du Nord, un projet en cours au zoo de San Diego. On parle d’essayer d’amener un rhinocéros blanc du sud (il y en a 20 000) à porter un rhinocéros blanc du nord (il y en a 5) jusqu’à terme. Markus parle avec un optimisme prudent et prudent: «Potentiellement, potentiellement, peut-être la sous-espèce de rhinocéros noire disparue pourrait-elle être ramenée à la vie.
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